Naturschutz ist für Fischer schon immer selbstverständlich. In der nun über 125 Jährigen Vereinsgeschichte haben sich die Fischer unermüdlich gegen negative Eingriffe in die Gewässer stark gemacht. Teilweise gegen den damaligen Zeitgeist wurde versucht Verbauungen, Einleitungen und Begradigungen zu verhindern oder wenigstens deren schädliche Auswirkungen zu mindern.
Einige der aktuell wichtigen Themen sind:
Aber auch Tag für Tag leisten die Fischer des KFV, vor allem im Rahmen des "Arbeitsdienstes" unermüdlich viele Stunden Arbeit für den Naturschutz aber auch für das Naturerlebniss der Allgemeinheit. Im Rahmen dieser Dienste werden Uferwege in Stand gehalten, Müll eingesammelt, Vereinsanlagen gepflegt usw.
Angeregt und vorbereitet vom Kreisfischereiverein Schongau e.V. haben im Oktober 2003 die Fischer der Anglergemeinschaft Lech-Ammer damit begonnen Landschaftspflegearbeiten am Lech bei Helmenstein auszuführen. Mit Ausholzen und Entbuschen hat es begonnen. Jetzt steht die Pflege "Gehölzrückschnitt und Mahd" im Vordergrund. Auch dieses Jahr wurden diese Arbeiten durchgeführt, ohne die Orchideen und Enziane wieder zuwachsen würden
Am 14. Oktober vor 10 Jahren fand der Spatenstich für den Fischaufstieg am Schnalzwehr statt. Das war der erste Schritt zur Wiederherstellung der Durchgängigkeit an der Ammer.
Der Bestand vieler Fledermausarten ist durch Umwelteinflüsse gefährdet: Die Jugendgruppe des KFV Schongau entschließt sich, den Fledermäusen zu helfen. Wir hängen Fledermauskästen auf.
Mit dem einheimischen Wald im Forchet in Schongau, tauschten 115 Schüler der 3. Klassen der Grundschule Schongau ihre Klassenzimmer und erlebten einen lehrreichen Vormittag in freier Natur.